1989年10月18日至21日，厦门大学高等教育科学研究所和北京大学高等教育研究所联合发起组织的全国校际高等教育研究所(室)工作讨论会在厦门大学召开。来自全国高等教育研究所(室)的50多位代表就高等教育研究机构在高等教育改革与发展中的地位、作用等问题进行了广泛探讨。会议指出，据中国高等教育学会秘书处1987年对17个省、直辖市、自治区的不完全统计，高等教育研究所(室)数已逾700个，专、兼职人员数量大幅度上升，创办刊物近400种，在理论研究和推动高等教育改革实践方面做出了贡献，高等教育研究所(室)的工作已初步得到社会的承认和重视。但在研究队伍建设、研究方法、研究经费等方面还存在不少问题，有待解决。①潘懋元和汪永铨分别为大会做了总报告和总结报告。潘懋元在报告中提出：要明确高等教育研究机构在高校中的性质、任务、地位和作用；促使高等教育研究成果在教育实践中起作用，适当吸收干部、教师参加高等教育研究所(室)的研究工作；加强校级高等教育研究所(室)的信息交流。②这些意见对迅猛发展中的高等教育研究机构的建设是有指导意义的。
在这一阶段，还有一些地区性的研讨会召开。1987年10月9日至11日，吉林、黑龙江、辽宁三省高等教育研究首届协作会在沈阳举行，吉林、辽宁两省高等教育研究所和黑龙江省教育科学研究所等单位共35人参加了会议。与会同志就高等教育面临的新课题以及高等教育研究所自身建设等问题进行了探讨和研究。至1991年，东北三省已举办了五届高等教育研究协作会。会议对过去一段时间的高等教育工作和下一步工作的开展进行了讨论交流。各地、各单位的高等教育研究机构举办的高等教育研讨会均推动了高等教育学理论的建设和研究机构的建设。