1864年普奥联军发起对丹麦的战争。战前，毛奇在柏林制定了对丹麦作战的军事战略计划。但在战争中，前线司令官对毛奇的计划既不理解，也不服从，致使已经被围困的丹麦军队逃脱。后来，毛奇被派到前线联军总司令部当参谋长，在前线担任总司令的查理王子接受了毛奇的建议，使战局迅速改观，这使普鲁士国王对毛奇刮目相看。不久，毛奇成了国王的军事顾问，开始施展其治国治军的才能与智慧。
在1866年的普奥战争中，毛奇的分进合击战略使普军迅速获得胜利。于是，国王在1866年6月2日，正式确定毛奇的地位与责权，由内阁颁发命令，宣布总参谋长与军政部长为平行关系，总参谋长同样有指挥军队的权力。普法战争时，毛奇担当的总参谋长已经具有指挥的全权，不需要得到普王的同意，就能用普王的名义发布命令，指挥作战，成为普军最高军事计划制定者。普法战争的胜利使毛奇的总参谋部获得至高的权威。