此时，国民党内反对中共跨党的呼声从国民党筹备改组之时就已微澜泛起。随着中共力量的日渐活跃，一些老国民党人或暗生妒忌，或担心中共争夺其政治资源，其反对声浪一波强似一波。国民党一大后，广州少数国民党老党员甚至组织秘密小团体抵制共产党。其他一些省市亦有老国民党人拒绝与中共跨党党员合作，或拒不到任，或分庭抗礼。其时中共党内亦存在着这样一种气氛：“我们共产党人加入国民党，却不打算支持它，而只想利用它。”而中共中央最初在指示中要求党员“必须把主要注意力放在老的国民党员身上，因为他们是党的官僚，是他们把一些有组织能力的人和各种政客派往各地，必须同他们作斗争。”在这种情况下，双方的矛盾势必激化。北京、上海、广州、汉口等地的国共两党党员之间，都存在着严重的对立。受其影响，工人和学生组织中亦形成相互对立的不同派别。鉴于此，中共中央不得不告诫党员：对国民党人不要预存嫌恶藐视的心理，“对他们中间极腐败的分子，亦宜取敬而远之的态度，须尽力避免不必要的冲突”；并尽量避免国民党内发生左右之分歧，不可勉强援引自己的同志担任国民党内各种职务，尤不应包办其党务；在发展本党组织时，须十分慎重，不要使国民党误会中共有意拉去他们的党员；今后一切工作均“用国民党名义，归为国民党的工作”，只有当国民党不愿用其名义活动时，才以本党名义独立活动。