由于种种因素的作用，副总统选举在国会中因无法凑足法定人数而难产。9月4日大总统选出，5日进行副总统选举，到会议员不足百人，选举流产。10月9日，又举行第二次副总统选举，出席议员数338人，仍不够法定人数，选举再度流产。10日徐世昌就大总统职，16日第三次进行副总统选举，出席议员数较上次还少，只有271人，选举仍流产。此后，时移势易，副总统选举不再是各派关注的中心问题，从此再未举行，总统府也就成了大总统唱独角戏的舞台（直到1924年大总统曹锟下台，北京政府一直没有副总统）。
副总统选举的流产，表明即使是处在政治鼎盛期的皖系也无力完全控制北京政局，派系纷争是影响北京政治的重要因素，北京政府本质上仍是弱政府；而国会政治的变质使其在北京政治中的地位不断弱化，在社会舆论及民众中的公信度不断下降，国会既不能成为民主的一极而约束军阀所为，则其只能成为议员个人的名利秀场，直至贿选公行，声名狼藉，成为其最终被解散的重要原因；曹锟未能如愿当上副总统，则使其对皖系心怀怨怼，10月16日第三次选举失败的当天，曹锟即“称病”离京回津“静养”。曹锟的态度不能不使直皖关系趋于恶化，而当1919年12月28日冯国璋病故之后，“曹氏坐镇畿辅，势力雄厚，又有吴佩孚百战健将驻军湘南，遥为呼应”；“加以曹氏素恶段派专政，吴氏以转战湘中克复岳、长之伟绩，反令张敬尧安居湘督之位，尤愤不能平。于是曹氏所未便宣言者，以及吴氏自欲发其牢骚者，遂一再通电丑诋安福系及徐树铮之罪恶。由是曹氏俨为直派领袖，而两派又积不相能矣。”