第三，广录旧本草所不载，但实有功效的新药种。李时珍在行医中发现三七对跌打损伤的疗效很高，便将它收入《本草纲目》，并详细记载了其名称由来、药用价值及疗效。曼陀罗又名山茄子，有麻醉作用，东汉名医华佗曾创制“麻沸散”，但后来此药失传，无人知其如何制取。李时珍根据民间传说曼陀罗花酿酒可致人笑、舞的说法，通过实验证实了曼陀罗花的麻醉功能，因而将它记入《本草纲目》。如今，曼陀罗的麻醉作用已通过大量临床实验得到证实。巴豆长期以来被作为泻药使用，独元朝王海藏言其亦可止泻，但并未加以论证。李时珍仔细研究后确认巴豆是热性药物，可以祛寒，用以治疗因胃寒而致腹泻类疾患。依此药理，他为近百名此类患者解除了痛苦，从而在《本草纲目》中为后人留下了巴豆用量大可以致泻，用量小又有止泻功能的宝贵论断。朱砂对咽喉肿痛有良好疗效，当时只有武当山人采之；半边莲，田边湿地多有生长，可治毒蛇咬伤，但这些药在旧本草中皆无记载，赖李时珍将其收入《本草纲目》。在《本草纲目》中，李时珍自己发现、收集的药物有374种，亲手收集的验方有8160个，约占全部验方的3／4。