10月17日，“执委会”继续讨论对策。会上共提出了6种可供选择的方案：(1)目前什么行动也不采取；(2)派使者去见赫鲁晓夫，悄悄解决此事；(3)把苏联人拉到联合国安理会去解决；(4)封锁；(5)空袭；(6)入侵古巴。六条对策中，前三条是温和解决方案，后三条是强硬解决方案。会议否定了温和解决方案。决定选择强硬对策。在强硬对策中，最后一条对策被暂时搁置。争论的焦点集中到封锁还是空袭两种具体方案上。麦克纳马拉等少数人主张对古巴实行海上封锁。他认为轰炸和封锁都是战争行为，但封锁的好处在于，至少在最初阶段，可以避免流血，给对方留下选择时间、空间，有较大的灵活性。但是，“执委会”多数成员赞成空袭方案。
10月19日，“执委会”成员从早到晚，又开会讨论了一天一夜。经过辩论，空袭派成了少数派，封锁派开始占据上风。会议并决定由肯尼迪于22日晚上发表一个措词强硬的演说，向美国和全世界宣布苏联在古巴部署进攻性导弹的事实和美国的对策。肯尼迪原则上同意封锁古巴，但在最后拍板前，他两次召见空军指挥官，仔细询问空袭古巴是否可行。他得到的回答是：即使对古巴发动大规模空袭，也未必能消灭苏联在古巴的全部导弹发射场和核武器。即是说，空袭不能解决问题，还可能把局势弄僵。于是，肯尼迪接受了封锁古巴的建议。