而对章惇来说，这段颠沛的岁月，最痛的还不是自己遭了多少罪，而是他们一代改革家苦心打造的治国蓝图，就这么眼睁睁看着，一点点被摧毁！
所有的新法全数被废除，哪怕改革派官员们用尽力气，边境的国土还是在元祐五年（1090）割掉了四块，西线战火满天，国家财政更是一直在吃老本。史家一直赞美的“元祐更化”，其实是内外交困。等到元祐八年（1093）高宣太后去世，交接到开始亲政的宋哲宗手里的，就是个烂摊子。
接过烂摊子的宋哲宗，第一时间想到的就是章惇，这个青年皇帝9岁丧父，对父亲宋神宗的感情却是刻骨铭心，当年章惇呕心沥血的形象也被他立刻念起。次年四月，即绍圣元年（1094）四月，章惇高调回京，官居尚书左朴射兼门下侍郎，这是大宋一人之下万人之上的“独相”。章惇重任在肩，“绍圣”，正是要继承宋神宗富国强兵的理想！
八年浮沉，章惇也已成竹在胸。颠沛之中，他亲证了民间寒苦，反思了变法中很多不足之处，这次正好可以大展拳脚。当然在这之前，他还要做另一件大事，正如回京路上他对人说的：司马光奸邪，所当急办？要继承变法大业，就要先彻底清算司马光！
章惇真就这么做了，他四月官复原职，五月就翻了司马光割地的老账，把司马光、文彦博、范纯仁一干旧党重臣全部论罪，参与陷害蔡确的吕大防、刘擎等大臣也尽数被刷掉办罪，之后几年，司马光的谥号、赠官全被剥夺，身后可谓十分悲惨！