随后，袁世凯颁令段祺瑞为陆军上将，又特予授勋，给予二等嘉禾章。在此期间，革命党人仍然不满袁世凯担任临时大总统，而袁世凯也始终提防着革命党人。于是在1913年3月10日，袁世凯授意段祺瑞与德国捷成洋行签订二亿两借款合同，用于购买军火镇压革命。3月20日，国民党领导人宋教仁遇刺，后不治身亡，国务总理赵秉钧受到牵连，段祺瑞随即以陆军总长代理国务总理。5月5日，就之前与捷成洋行借款，众议院对段祺瑞提出质询，段祺瑞公然带着很多全副武装的士兵出席众议院，面对议员们的质询，他只干脆地留下了八个字：“木已成舟，毋庸再议。”
在以强硬态度面对众议院的质询后，段祺瑞于7月17日卸任代总理，算是完成了“喊杀”的戏码之后回归原位。不久孙中山领导的“二次革命”爆发，只卸任两天的段祺瑞再次回到国务院，指挥北洋军进行镇压。8月下旬，北洋军已经逐渐掌握战争主动，加之新任国务总理熊希龄到任，段祺瑞随即卸任代总理，回到陆军总长的位置上。“二次革命”被镇压之后，12月8日，段祺瑞接受袁世凯的命令，以“磋商要政”为由南下“迎接”副总统黎元洪入京。段祺瑞的这一出戏像极了“关云长单刀赴会”，孱弱的黎元洪在这只猛虎的威慑下毫无还手之力，9日晚黎元洪带着数十人的随行人员在陈宦押解一样的“陪同”下北上，而段祺瑞则留在湖北暂时接替黎元洪湖北都督的职务。