第三，便是司法职能。朱元璋在成立锦衣卫时，还在锦衣卫中设立了锦衣卫狱，也就是大名鼎鼎的诏狱。当时，里面关押的主要是官员，他们基本上都是因为某些原因触怒了皇帝，从而被下令关至诏狱，听候皇帝的最终发落。除了负责诏狱外，锦衣卫还负责廷杖工作。明朝第一个被廷杖的大臣是茹太素，受廷杖的时间是洪武八年（公元1375年），受廷杖的原因则是其在给朱元璋的上书中有一句话是说“才能之士，数年来幸存者百无一二，今所任率迂儒俗吏。”朱元璋一看顿时不高兴觉得茹太素这是在指责自己任人不明，然后带着这个印象，此后读茹太素的上书，越读就越觉得这个人出言不逊。于是，朱元璋直接将茹太素招来，先是质问他一番，然后直接拉出去打板子。从此，便正式开启了大明朝堂上的廷杖。后来锦衣卫正式成立，就由锦衣卫专门来负责行刑。
第四，其他职能。除了上面所列举的职能外，锦衣卫还具备一些其他职能，比如外交职能。比如洪武二十五年（公元1392年）有外邦准备来大明进贡，朱元璋觉得人家这么大老远来一趟太不容易了，还得走到江南地区，当时道路又不便，经常容易水土不服，所以就派锦衣卫指挥使张政去慰劳他们，还赏赐了许多礼物。从此之后，锦衣卫就经常被外派到其他各国处理外交事务。