战斗的中心——联邦中央政府大楼遭到了不可弥补的损失。潘多拉把高层领导办公室的资料都转移走，让一些没有保存在数据库的资料永远地遗失了。
不过根据后续的追踪，那些资料被潘多拉移动到了郊区外的十三号贫民窟。那片充满污秽和尸骨的土地让联邦政府放弃了回收资料的打算。
面对潘多拉的两大主力，警卫部和巡逻队都得到了联邦中央政府一定程度的褒奖，拿到荣誉顺利地回到了基地。
搜救队从破损的联邦中央政府大楼中，从第十五层中找到了昏迷不醒的魂主元，也算是给联邦政府之魂总部的研究员一个交代。
另外一边的天工学院松了一口气。为潘多拉准备的防御措施虽然没有作用，不过能够避免不必要的战斗也是他们希望看到的结果。
为了避免首都市民的恐慌，这次进行到一半的战斗没有对首都内公开。
联邦中央政府最高领导人宁夜执政官回归，并开始主导联邦政府的复苏工作。
他暂时取消了对于潘多拉的所有行动，开始把着重点放在提高首都边缘地区生活水平上。
首都克诺诚逐渐恢复正常，一切看起来都很顺利。
联邦政府之魂总部，首领办公室。
部门总长已死，魂主元跟联邦中央政府的关系也没有那么僵硬。宁夜执政官没有对于联邦政府之魂做出过多的要求，把权力交还给了魂主元。