与其相应的是，作为社会下层群众的集合体的各种民间宗教组织和其他结社组织，也始终在滋生和发育着。到了清代，主要是在18世纪中叶以后，随着人口的空前增长，被现代学者称作“秘密社会”的各种教门、会党组织日益活跃起来。所谓秘密社会，是指那些具有秘密宗旨和教义，按照较为严格的秘密仪规从事特殊的宗教、社会和政治活动的秘密团体。但在本质上，秘密社会始终是作为被抛向社会底层的人们的自救互助性组织而存在，代表和反映了这些现存社会秩序造反者的利益、愿望和信仰。乾隆中期以后，中国日渐减缓的经济发展与缓慢而不断增长的人口之间的矛盾渐趋突出。城乡大量存在的所谓游惰人口，以及农村中为数众多的处于破产边缘的贫苦农民，成了秘密社会孳生的最好土壤。
清代的秘密社会名目繁多，但大体上可归结为以白莲教为主体的教门系统和以天地会为主体的会党系统两大类。根据第一历史档案馆军机处录副奏折相关案卷目录的记载，清代的教门主要有白莲教、在理教、先天教、无为教、大乘教、清茶门教、八卦教、天理教等各种名目，而会党则有天地会、三合会、三点会、双刀会、小刀会、哥老会、江湖会、花会等各种名目，总计有215种。如果加上各地方志和其他文书的记载，估计不会少于三四百种。当然，这其中包括了同一组织的许多变名。而这些众多教门、会党的名目，绝大部分是在1755年（乾隆二十年）以后才出现的。