除此之外，由于介绍赫氏学说的许多学者并不太了解实际的教学情况，在实际的应用过程中产生了不少误解和问题。曾有这样一个颇具讽刺意味的事件：某位热心教育事业的郡长在巡视小学校时，问校长是否采用了五段教学法。校长立即回答说：“正如您所看到的，我校是一所小规模的学校，目前只采用三段”。《教育评论》1895年3月号发表了题为《五段教学法思考》的文章：“近来赫尔巴特主义十分流行，很快地人人都谈起了五段教学法。虽然此方法确实有其优良之处，但却不可经常地呆板地履行五段顺序。采用三段或者四段能够完成教学的要领，也可以省略一部分顺序。以前开发法流行时，所有的事事物物都必须遵循此法，反倒失于迂远、流于烦琐、贻笑大方。若今迷恋于五段法者不重蹈覆辙，将幸甚至极!”当时的教师一谈到裴斯泰洛齐教学法就认为是“提出问题让学生回答”,可见认识极为刻板单一。五段教学法也没能克服这一弊端，再次堕入形式上的、呆板的认识中。对于这一状况，《教育评论》及时地提出了批评：“赫尔巴特主义是目前最为流行的势力，在这种流行旺盛的同时，不应该彻头彻尾地遵循不变，而应对本邦的教育法勇于进行取舍斟酌。盲信轻躁是所有流行都具有的宿弊，非但赫尔巴特主义如此，以前已历经种种变迁的教育主义无一不是如此。”由此可见，此时的日本教育界对于应接不暇地输入欧美新思想的宿弊已经有了一定的反省。