1388年，为了表明自己严守戒律，宗喀巴改戴黄色僧帽。他提倡不论显、密僧众都应遵守戒律。他修复颓圮的旧寺，以提高自己的宗教地位。通过举办法会，来扩大影响，赢得各方政治势力的支持。在他的《菩提道次第广论》、《密宗道次第广论》等著述中，全面系统地阐述其宗教思想的主旨，阐明显、密两宗修行次第，强调恪守戒律，规定学经程序，制定僧人的生活准则，形成了一代宗风。永乐七年（1409年），宗喀巴在阐化王帕竹政权扎巴坚赞的支持下，在拉萨大昭寺举办了全藏性的不分教派的祈愿法会。这次法会标志着宗喀巴已成为藏传佛教的领袖。不久，甘丹寺的创建，宣告了宗喀巴建立的格鲁派体系正式形成。
宗喀巴为了扩大势力和影响，永乐十二年（1414年）派其弟子释迦也失入京朝贡。释迦也失虽然不是教派首领，明成祖仍封他为“妙觉圆通、慈慧普应、辅国显教、灌顶弘善、西天佛子大国师”，赐给印诰，倍加优宠，从此格鲁派得到了明朝政府的确认。释迦也失返回西藏后，利用明廷丰厚的赏赐，于永乐十六年（1418年）建立色拉寺。它与甘丹寺、哲蚌寺[50]被并称为格鲁派拉萨三大寺。从此格鲁派（黄教）的势力迅速发展起来，后来在清朝政府的扶持下，成为西藏地方执政的教派和藏传佛教中最大的宗派。