6 月17日早晨,便有一群身穿长衫,行动鬼祟的男人出没在中研院大门外。此处离宋庆龄的府邸不远,一旦动手,所引起的喧闹必然能够引起宋的关注。杨杏佛是日还没有出门,正当赵理君布置好各人所站的位置后,一辆法巡捕房的巡逻警车正巧经过。不一会儿,另一队巡捕沿马斯南路经过。几个人商量了一番后,坐上汽车离开中研院。
第二天早上才6 点多,昨天那辆小汽车再次停在了中研院门口。四人下车,看似漫不经心地走开,一人仍留在车里。到了8 点多,当杨杏佛带着长子杨小佛走到院中登车时,他们已经做好狙击的准备。不料两人又从车上下来。特务们以为自己的行动败露,正欲冲入相搏,没想到他们只是换了一辆有司机的车子。车子开到中研院大门口,等待了许久的特务们便靠近车身,四支手枪同时朝着车内射击。
杨杏佛听到枪声,立刻知道这是冲他而来。生死关头,他扑到儿子身上,用自己的身体替儿子挡去了子弹。丧心病狂的特务们连开了十几枪,将手无寸铁的杨杏佛和司机打死。而杨小佛在父亲的保护下,仅腿部中了一弹,幸免于难。