1941年，在抗战中流亡四川南溪李庄的“中央研究院”史语所、中央博物院筹备处、中国营造学社等三家学术机构共同组织川康调查团，对彭山一带崖墓进行考古调查发掘，冯汉骥被邀加入，此为在彭山发掘时考古人员合影。左起：吴金鼎、王介忱、高去寻、冯汉骥、曾昭燏、李济、夏鼐、陈明达
尽管冯汉骥在中国求学时代毕业于教会学校，但对教会那一套说法和做法却相当反感，一生从未信教。对于某些外国人打着学术的幌子在中国边疆四处活动，更是存有戒心。在抗战时期，当华西大学的戴谦和等人约他参加时为华西大学博物馆馆长葛维汉等主持，而旗下成员较复杂的“华西边疆研究学会”时，冯汉骥以“以为中国边疆不应外人研究，中国的事让中国人自己处理”为由，拒不加入。新中国成立前夕，又拒绝了国外友人约其去美国效劳的建议，将重建中国的希望寄托在中共领导的革命运动之中。
1950年，新生的人民政府刚刚建立，百废待举，困难甚多，但为了保护历史文物，仍决定立即在重庆成立西南博物院，冯汉骥出任筹备主任，并配合当时大规模开展的基本建设，做了大量的工作。如在成渝铁路修建期间发现的“资阳人”头骨化石，是当时长江流域第一次发现的旧石器时代人类遗迹，对整个中华民族史前史的建立具有十分重大和不可替代的划时代的意义。