拖到甲申年二月下旬，左都御史李邦华提出“太子南行，皇上固守”的第二套方案。即崇祯坚守北京，太子南行南京应变。然而这是崇祯最不愿意接受的方案，如果照此方案执行，太子和一帮大臣可以安全而体面地撤离到南京，他却必须死守北京，最后以身殉国。李邦华竟然明说“在皇上唯有坚持效死勿去之义”——崇祯看来，李邦华和一帮赞同此议的大臣简直十恶不赦——做臣子的光明正大地逃跑，却要君王留下来死守。此外，崇祯还有一个担心，那就是一旦有人在南京拥戴太子为帝，他即便没有因守卫北京而死，也只好成为有名无实的太上皇了。也许，唐肃宗在灵武遥尊唐玄宗为太上皇的故事刺激着他，他没法同意这种在他看来完全混账的建议。
但他不能明确说出自己的意见。身为帝王，很多时候都无法明确说出自己的意见，除非是昏君和暴君，而崇祯一向以中兴的明君自居。对此，他言不由衷地说，朕经营天下十几年尚不能济事，哥儿们孩子家做得甚事？先生们早讲战守之策，此外不必再言。于是乎，迁都南京和太子南行两套方案均无疾而终。除了困守北京，坐以待毙，崇祯无路可走。这时候，李自成军队已经打败了山西总兵周遇吉在宁武的坚决抵抗，周遇吉本人在城破后的巷战中被农民军所擒，遭受了乱箭射死的酷刑。他所组织的宁武保卫战，是李自成从西安进军北京途中遭遇的唯一一场艰苦战斗。李自成对周遇吉的抵抗相当头痛，甚至一度想撤回西安。一个月之后，当李自成顺利拿下京城，他对明朝官员感叹：你们朝廷要是再有一个周总兵，我们哪里到得了这里？