如果从军功方面看，马援在东汉初年可谓最著，他东伐西讨，南征北战，为东汉大大开拓了疆土，为巩固和发展我国统一的多民族国家可以说立下了不朽功勋。前人对马援的战功，留下许多赞诗，清人观保有一首诗说：
汉时勤异域，新息建殊功。铜柱勋名著，辰溪祀享崇。当年谗薏苡，此日荫梧桐。岭首雄祠在，依然矍铄翁。
新息指光武曾封马援为新息侯，铜柱指在马援死后给他铸立的纪功铜柱。至今在两广湖南一带各地，仍存在纪念马援的伏波庙、伏波祠、伏波墓等遗迹，说明后人对他功绩的追念。
但马援一生的最后结局却是以悲剧告终的。马援指挥的最后一次南征五溪蛮的战役，因指挥失误，士卒疫死者甚众。再加上窦融侄窦固和梁统子梁松伙同耿食、耿舒兄弟进谗，这一切终激起光武帝大怒，不仅派梁松去前线代马援统兵，撤其职务，而且在马援死后，又“追收援新息侯印绶”。不但如此，大将马武和侯昱又诬奏马援在南征交趾中带回不少“明珠文犀”,贪为己有，使得光武帝听到这个消息后愈益震怒。
因为这些原因马援死后，丧事办得十分萧条凄凉，“援妻孥惶惧，不敢以丧还旧茔，裁买城西数亩地槁葬而已。宾客故人莫敢与会”。他的妻子和儿子马严“草索相连，诣阙请罪”。后来幸好云阳令朱勃仗义执言，为马援上书鸣冤，最后才给这一代名将平反，得以归葬故里，明帝时追封为忠成侯。史家对马援的冤案议论颇多，最主要的是因为他一生所作所为威胁到了皇权和中央集权。一般封建君主最怕的就是臣下居功自傲，拥兵自树。