还有一种说法认为朱棣的生母是元妃。
王世懋《窥天外乘》记载:“成祖皇帝为高皇后第四子甚明。而《野史》尚谓是元主妃所生。”王世懋所指的“野史”,是指《蒙古源流》。《蒙古源流》说,明成祖是元顺帝之妃瓮氏所生,是元顺帝的遗腹子。“先是蒙古托衮特穆尔乌哈噶图汗(元顺帝)岁次戊申,汉人朱葛诺延年二十五岁,袭取大都城,即汗位,称为大明朱洪武汗。其乌哈噶呼图汗第三福晋系瓮吉喇特托克托之女,名格呼勒德哈屯,怀孕七月,洪武汗纳之,越三月,是岁戊申生一男……”刘献廷在《广阳杂记》中则说:“明成祖非马后子也。其母瓮氏,蒙古人,以其为元顺帝之妃,故隐其事,宫中别有庙,藏神主,世世祀之,不关宗伯。有司礼太监为彭恭庵言之,余少每闻燕主故老为此说,今始信焉。”近人傅斯年所见的明人笔记则以为明成祖是元顺帝高丽妃所遗之子(《明成祖生母记疑》)。