《永乐大典》编成后，迄今已逾五百五十年。在这期间，我们的国家经过了艰难曲折的历程，而这部最早最大的百科全书的遭遇，尤足令人感概[3]而愤恨。
原书编成后，原藏南京文渊阁。永乐十九年（1421），北京皇宫落成，文渊阁藏书大部分北迁。《永乐大典》亦被迁移，贮藏于文楼。嘉靖三十六年（1557）宫内奉天门、三殿和午门被火，《大典》经抢救免于焚毁，其后五年（1562），明世宗朱厚熜恐孤本或遭意外，令阁臣徐阶、侍郎高拱等督饬儒士一百零九人摹写副本一部，经历五年，至隆庆元年（1567）始告完成。从此正本与副本分藏于文渊阁与皇史宬[4]。明亡之际，文渊阁被焚，正本可能即毁于此时。副本传至清代，不被重视，雍正年间，曾由皇史宬移藏翰林院。乾隆年间纂修《四库全书》时，已缺二千余卷。嗣后清政腐败，官吏盗窃，又颇散失。光绪二十六年（1900）帝国主义侵略者八国联军侵入北京，大肆破坏与掠夺，《永乐大典》亦遭受浩劫，一部分被焚毁，未毁者几乎全被劫走，运往英、美、法、日等国，作为古董贩卖，或入私家庋藏[5]，或入博物院当作点缀品陈列。清代末年，清廷曾将残本64册移存京师图书馆。清亡后二十余年中虽略有收集，但因日本帝国主义发动侵华战争，有60册“移存”于美国，至今尚未收回。