中国伊斯兰教中的门宦与教派不同。从教派上看，中国伊斯兰教有三大教派，即格底目、依黑瓦尼和西道堂（汉学派）。这里除西道堂受门宦影响、吸收门宦的特点以外，其余各派都反对门宦制度及其修行，尤其是依黑瓦尼派则把门宦视为邪教或多神教。教派多以对教义、教律的解释不同而分门别类。而四大门宦及其支派，基本上则以“始传者之子孙世世为掌教”来区别。教派里没有严格的组织，仅以清真寺为活动中心，各清真寺之间一般也无联系。而门宦则上有教主、道堂，下有清真寺，形成一个严密的组织，教主一呼百应，教徒唯命是从；同时门宦之间各自独立，相互排斥，毫不相让，矛盾与冲突始终没有停止过。[49]
中国的穆斯林把伊斯兰教中的什叶派、逊尼派和四大法学学派（即哈乃斐、马立克、沙费尔和罕伯里）总称之为教派。入清以来，中国伊斯兰教的教派“格底目”、“依黑瓦尼”、“西道堂”逐渐形成和发展，是中国伊斯兰教的主要流派。
格底目派。“格底目”，系阿拉伯语，意为“尊古”，称“老古派”，通称“老教”。格底目派是我国传播最早、流行较长的伊斯兰教派，从唐初到清康熙末年苏非派传入中国之前，经历了约1100多年的历史。由于长期受汉文化及儒学的熏陶，是伊斯兰教中比较保守的教派。格底目派主张，严守老规旧矩，重视“舍若阿提”（法定的干功），反对标新立异，对“妥若格提”（道路）只看作是一种副功。认为今世和后世是一个统一体，没有今世的干功，就没有后世的幸福。格底目的干功，是要严格履行五件天命课（即念、礼、斋、课、朝）和坚信六大信仰（即安拉、经典、圣人、前定、后世、复生）。提倡在完美“舍若阿提”的条件下，才允许做“妥若格提”。格底目的教权组织形式，是单一的教坊制。教坊（即清真寺）之间，互不隶属，互不干涉，各自独立，各行其是，教权组织较涣散。格底目的清真寺，是穆斯林政治、经济、文化和宗教活动的中心。清真寺的组织形式是“三掌教制”，格底目的教义是正统的逊尼派教义，其教律是哈乃斐学派教律。他们对遵从苏非派的门宦，虽持有异议，但对各门宦中的品学兼优、真能按《古兰经》、《圣训》传教的人，也视其为“贤者”，给予尊重。另外，他们对国外来中国传教的“圣徒”、“圣墓”，同样也表示崇敬，也去上坟，但反对出资给外来“圣徒”修建拱北。此外，格底目还很重视宗教末节，带有一些古老风格。由于格底目在长期的发展过程中，经常受到汉族文化的影响，以致在其宗教仪式中含有不少的汉族习俗。[50]