大木博士的研究所有两层。
叶凡所处的客房在一层，一层还有大木博士的起居室和两间放满奇怪仪器的研究室。
这里还有一间专门存放精灵球的储藏室，用于存放真新镇训练家无法随身携带的宠物小精灵。另外这里还有若干间藏书室、书库。
上楼以后是研究区。这里有很多机器，是研究所的心脏。包括宠物小精灵测试所用的机器，还有放满药品的桌子。机器旁边有把蓝色的椅子，面前是可以显示宠物小精灵健康程度的屏幕。大木博士的电脑也在这里，记录大木博士的研究成果，并包括有可视通讯功能。电脑旁边是精灵球传送系统。
休息区是半开放式的复式结构，二楼有三扇巨大的落地窗，可以眺望远方。
叶凡来到上楼来到研究区，熟练的从精灵球中放出不久之后要给新人训练家发放的宠物小精灵杰尼龟，妙蛙种子和小火龙，并端上叶凡自己特制的宠物小精灵食物。
宠物小精灵食物。能让全国的宠物小精灵们吃饱的综合营养食品，那就是宠物小精灵食物。从有嚼劲的固体类型到用喝的类型，种类也非常的丰富，根据宠物小精灵的成长与喜好喂食的种类也会不同。此外，训练家们也会试着混合各式各样的材料，或是把树果磨碎之后洒在上面之类的。
在大木博士研究所的这三个月来，叶凡熟练的掌握了制作宠物小精灵食物的技巧。